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设置短信骚扰拦截，对方是不会知道的。因为短信骚扰拦截只是在用户自己的手机或设备上进行的操作，主要是为了保护自己不会受到不必要的干扰和打扰。所以，对方是无法得知你是否进行了短信骚扰拦截的。
需要注意的是，如果你选择举报某个号码发送的短信为骚扰信息，运营商可能会对该号码进行处理，这时对方可能会收到相关的通知，一些拦截软件可能会提供“举报”、“阻止对方知道拦截”等选项，如果你选择了这些选项，对方可能会收到通知知道其发送的短信被拦截，是否会让对方知道取决于你使用的具体工具或软件设置。
为了保护自己的权益和隐私，可以选择设置短信骚扰拦截，在进行相关操作时，建议仔细查看软件或工具的相关说明和设置选项，以便做出最适合自己的选择。